L'hépatite à virus
Elle est favorisée par une surpopulation, elle se transmet par l'eau, les contacts sexuels, les oeufs. Seuls les jeunes de moins de six semaines sont atteints. La forme aiguë provoque une forte mortalité. La mort survient dans les jours qui suivent l'apparition des premiers symptômes. Un vaccin est disponible.

La crampe des canetons
Elle se manifeste par des boiteries dues à l'accumulation des dépôts séro-fibrineux dans les articulations, et diarrhée provoquée par le staphylocoque doré. Cette maladie atteint les canetons de 1 à 3 semaines, perte d'appétit, écoulement des yeux et surtout incoordination des mouvements. Pas de traitement, seule la vaccination est efficace.

La peste du canard
Maladie contagieuse et virulente, la peste du canard peut se constater sous plusieurs formes, chronique, aiguë, suraiguë, et atteint tous les anatidés, quel que soit leur âge. La mortalité peut atteindre 100% chez les jeunes. Il existe un vaccin.

La maladie de Derzy
Elle affecte les oies et certaines espèces de canards. Les symptômes sont semblables à ceux de nombreuses maladies; elle affecte surtout les espèces domestiques.

La maladie de Newcastle
Le virus se propage par les déjections et les animaux sauvages et affecte particulièrement les jeunes. La vaccination préventive est recommandée.

Les coccidioses du canard
Maladie transmise par les déjections, les aliments et l'eau, les jeunes canards sont les plus exposés. Elle se manifeste par une perte d'appétit et des cris de détresse. Un traitement à la sulfaquinoxaline est indiquée.

Le saturnisme
C'est l'empoisonnement dû à l'ingestion de plombs de chasse que les aquatiques avalent avec les graviers. Cet empoisonnement se produit sur les plans d'eau où les chasseurs pratiquent leur activité nuisible pour la nature. Le plomb émet des sels toxiques. Dans certains pays le plomb de chasse est déjà remplacé par du fer doux. Les canards plongeurs sont plus affectés que les canards de surface.

Le botulisme
La chaleur, la baisse du niveau d'eau et la concentration élevée des aquatiques favorisent le développement de la bactérie responsable qui libère alors une toxine. Cette toxine peut être ingérée par les aquatiques avec l'eau et les aliments. Le premier symptôme de la maladie est une diarrhée verdâtre, rapidement suivie d'une paralysie, puis la mort du sujet contaminé. Il n'existe pas de traitement efficace, il se prévient par une hygiène stricte.

Les vers
Les vers les plus communs sont les ascaris, de 4 à 5cm de long, présents dans l'intestin grêle, les capillaires, de quelques millimètres de long, qui infestent l'intestin grêle, les caecums, l'oesophage et le jabot; les hétérakis, longs de 1 cm, dans les caecums; les syngames, vers ronds de la trachée, qui infestent plutôt le faisans. Le vermifugeage permet de les combattre efficacement.